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Sabado 18 de agosto del 2018
 
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Proyecto Genoma Humano

La estrategia de Celera


Si bien puede decirse que Celera terminó unos "minutos" antes que el GHP, hay que reconocer que en su afán de ganar la carrera dejó cositas sueltas sin documentar.

Los enfoques metodológicos fueron distintos y ambos se comprometen a documentarlo a la brevedad. No obstante, puede adelantarse que ambos enfoques son complementarios para las futuras investigaciones. Básicamente, Celera empleó un método de "atajo" y no de ensayo secuencial completo, desarrollando además un algoritmo matemático para rellenar lo que dejaba sin investigar entre los atajos.

Mark Adams, vicepresidente del programa genoma de Celera informó que ellos usaron dos metodologías diferentes para compaginar el genoma humano. El primero se denomina Compaginación por Disparo que usa el DNA de cinco individuos anónimos, secuenciando un total de 14.500 millones de letras de código genético para luego compaginarlo sobreponiendo segmentos de las letras.

El arma secreta de Celera fue su habilidad para determinar la secuencia de geteceaes sobre ambos extremos de sus piezas de DNA para las dos hebras de la espiral. Estas son denominadas apareadas y secuenciadas.

Su otra arma secreta fue Hamilton Smith, ganador del Premio Nóbel en el año 1978 por su desarrollo de enzimas de restricción, que actúan como tijeras que cortan el DNA en piezas que luego pueden ser copiadas o clonadas para secuenciarlas. Conjuntamente con otro científico de Celera, Robert Holt, diseñaron un método para aislar fragmentos de unas 50.000 letras de longitud, mucha más grandes que las clásicas de a lo sumo unos pocos miles de letras.

¡Por último Celera aprovechó la información de libre disponibilidad de las bases de datos del HGP!.

La segunda metodología es el "Compaginador regional". Este compaginador emplea datos del compaginador del HGP. HGP emplea largas piezas de DNA denominadas BAC's por cromosomas de bacterias artificiales, extra largos segmentos de DNA que contienen secuencias cuyas ubicaciones sobre los cromosomas han sido mapeadas. Este mapeo es grosero, como si se tuviera un mapa por estados pero no aparecieran los condados y municipios. Celera los usó como andamios para su secuenciado siendo capaz de determinar si segmentos más pequeños cuadraban o no.

El próximo paso será la anotación, es decir, conocer la función de cada gen y la hasta ahora casi desconocida relación inter-genes. Para eso, Celera realizará comparaciones con el genoma de la mosca de la fruta y con el de la rata que está por terminar.






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