Con la derrota, el equipo cambió a su entrenador por el brasileño Alexandre Guimarães, quien disputó el Mundial de 1990 como reserva de Costa Rica, y las cosas pintaron mejor. Aún así, el equipo enfrentó la tensa situación de un juego de desempate, en Miami, en contra de Guatemala. Costa Rica venció por 5-2 y llegó a la fase final, en la cual seis países (Estados Unidos, México, Honduras, Jamaica y Trinidad Tobago), además de los costarricenses, disputarían tres lugares para asistir al Mundial.

Jugando con un esquema táctico 3-5-2, y con un eficiente trabajo de los laterales en apoyo a los delanteros, Costa Rica fue mejorando poco a poco en la última fase. Su punto culminante fue la victoria de 2-1 sobre México en el Estadio Azteca, la primera de un equipo de la CONCACAF en la catedral del fútbol mexicano. El equipo de Alexandre Guimarães fue tan superior a los rivales que su clasificación para el Mundial ocurrió con tres partidos de anticipación.

El 5 de septiembre del 2001, el triunfo de 2-0 sobre Estados Unidos en San José dio el pase a los centroamericanos. Costa Rica no perdió los partidos restantes: quedó 0-0 con México y venció 2-0 a Trinidad Tobago y 1-0 a Jamaica, ambos partidos como visitante. Terminó las eliminatorias en la primera posición, con 23 puntos, seis más que México y Estados Unidos, los otros calificados para el Mundial.